Kurokami Medaka, estudante do primeiro ano, é eleita como presidente do conselho estudantil, e a primeira coisa que ela faz é estabelecer uma caixa de sugestões, mais tarde apelidada pelos alunos por "Medaka Box". Medaka incentiva os alunos a apresentarem qualquer problema para a caixa sem hesitação e promete resolver qualquer problema que lhe foi informado.
Desde que Medaka ganhou as eleições como membro do Conselho com 98% dos votos, ela acaba sendo a única membro do conselho, então ela pede a seu amigo de infância, Hitoyoshi Zenkichi, para ajuda-la, assim tornando-o um novo membro do Conselho de Estudantil. Logo Medaka recrutas mais duas pessoas para o conselho, o ex-membro do clube de judô Akune Kouki como secretário e a atual membro do clube de natação Kikaijima Mogana, por empréstimo de ¥ 300 por dia, como tesoureira.
Agora os membros do Conselho Estudantil passam os dias solucionando os problemas apresentados pela Medaka Box.
T1 · EP 1
Episódio 1
T1 · EP 2
Episódio 2
T1 · EP 3
Episódio 3
T1 · EP 4
Episódio 4
T1 · EP 5
Episódio 5
T1 · EP 6
Episódio 6
T1 · EP 7
Episódio 7
T1 · EP 8
Episódio 8
T1 · EP 9
Episódio 9
T1 · EP 10
Episódio 10
T1 · EP 11
Episódio 11
T1 · EP 12
Episódio 12